如前所述，华严宗在奈良时代传入日本。据凝然《三国佛法传通缘起》的记述，天平十二年（740）十月八日，良辨请新罗僧审祥在金钟道场依照法藏的《华严经谈玄记》讲解六十卷《华严经》，是为华严宗学传入日本之始。

日本华严宗所传皆为法藏之学，在镰仓时代以前，他们表现出了与中国华严宗所不同的两个特点。其一是他们非常重视法藏的《一乘教义分齐章》（《五教章》）。自奈良时代末期的寿灵撰写了《五教章》的注释书《华严五教章指事》六卷以后，历代疏注此书的著作不断，先后有增春《华严一乘私记》一卷，愿圆《五教私记》二卷，宽朝《五教章一乘私记》三卷，湛幸《一乘私记》二卷，义圣《种子义私记》二卷、《所依身私记》一卷、《佛果义相义私记》一卷，亲圆《华严宗种性义抄》（1019）一卷（以上见《大日本佛教全书》）。而与此相对，中国自11世纪以后（大体与亲圆著作同时）才出现相应的疏注。其二与中国华严宗以澄观、宗密一系为正统不同，日本华严宗受澄观的影响有限。奈良时代研习八十卷《华严经》即以受到澄观强烈批评的慧苑所著《刊定记》为准绳，澄观所著《华严经疏》《演义钞》在日本的影响也远远无法与其在中国的地位相比。