我们来看一下日本高等教育的另一个重要组成部分。研究生院在2002年招生总数中，女性人数仅占31%。女研究生在公立大学中占26%，在私立大学中占39%。据此可以得出两个结论：第一，不管公立还是私立大学，女研究生人数都明显不足；第二，公立大学女性人数尤其少。另一方面，女研究生人数在1998—2002年间有所增长，在公立大学中的人数几乎翻了一番。

在研究领域和课程水平（如研究生和博士课程）方面，研究生院显示了更大的性别差异（在高等教育各层次性别差异其实都存在）。学位越高（最高为博士），女性人数越少。在学科地位上，女性人数分布也是如此，学科地位越高，女性人数越少。例如，博士层面，工程学以男性为绝对主导（男性在公立大学中的比例为89%），而家政学则完全是女性。总体来说，学科领域反映的性别差异在博士层面比研究生层面更为突出，而这种性别差异在公立大学和私立大学中都长期存在。