依循上述定义说明，我们进一步检视汉传因明的发展史。汉传因明发展史的实质起始点在于唐代玄奘对印度陈那（Dignāga）因明理论的引介。虽然在玄奘之前已有《方便心论》《如实论》等论辩相关文本传入，或在《顺中论》等其他典籍中出现了一些“因三相”等关键理论的较早记载，但从现存材料来看，这些早期文献并未引起成规模的研习以及专门的弘传。根据《三藏法师传》等记载，玄奘自印度取回因明类典籍三十六部，但其相关翻译成果却只有陈那的《因明正理门论》（以下简称《门论》）与弟子商羯罗主（）的《因明入正理论》（以下简称《入论》），以及《瑜伽师地论》《大乘阿毗达磨集论》等大部头文献的因明相关章节。这些译典成为后来汉传佛教的理论基础，所谓“因明”的称呼也于此时确立下来：此门学问在印度原有“正理”（nyāya）、“论议”（vāda）等诸多名称，《入论》《门论》梵文原题中亦无“因明”的对应词，而玄奘则将译自《瑜伽师地论》“heduvidyā”的“因明”一词冠于二论，作为相关知识的一致称呼。以《入论》《门论》作为基础的汉传因明追随陈那的理论体系，并偏重于论辩推理方面的阐发。基于这一情况，汤铭钧在其新著《玄奘因明思想论考》中区分佛教逻辑学—知识论的不同发展脉络，强调应以“因明”称呼其东亚传统，以凸显玄奘及其东亚后学对该门知识的论辩解释，从而与印藏的“量论”传统相区别。

　　如《三藏法师传》所记，在玄奘译出《门论》《入论》后，“译寮僧伍竞造文疏”，开启了因明研习的风潮。根据日本学者武邑尚邦统计，唐代时玄奘弟子或后学至少撰著了十二种《入论》注疏及十一种《门论》注疏。其中，窥基的《因明入正理论疏》最为著名，他也被视作汉传唯识宗的实际创立者，是玄奘最重要的继承人。《宋高僧传》就记载玄奘曾单独为窥基讲解“陈那之论”，窥基因而“大善三支”（“三支”指宗、因、喻三部分组成的因明论式）。虽然此记载有很强的传说色彩，应非事实，但可以反映出窥基作为玄奘嫡传的独特地位。《因明入正理论疏》根据玄奘的传授，翔实阐发《入论》的文字与义理，并对文轨等较早的注释者加以总结、批评，在具体诠释中建构理论体系，是唐代因明的集大成之作，被后世尊奉为《因明大疏》。不过，即便窥基对文轨等早期注释者多有驳斥，后者的因明诠释亦同样以玄奘的知识传授作为基础。

　　不幸的是，唐代的因明研习并未长久持续，又受灭佛、战乱等影响，宋元时传承既渐断绝，唐疏亦于中土散佚。然而，汉传因明的故事并未就此终止。在晚明佛教义学振兴的风潮下，自玉庵真贵、雪浪洪恩等人起，因明重新得到佛教内外学者的青睐，《入论》更被洪恩收入《相宗八要》，视为学习法相唯识的重要阶梯，受到广泛关注。除《卍续藏》旧藏的六种明清文献外，近年新发现另有两种明代及三种清代的因明著作存世。笔者据目前可见材料加以考证，从晚明最早写作因明注释的玉庵真贵算起，到清代补完并修订《因明入正理论后记》的钱伊庵（钱镛）、江了因（江沅）为止，明清时期的因明研习始于16世纪末，尾声延至19世纪初，二百余年间至少曾有二十四种著作问世，其中十九种为《入论》注释（存八种），四种为因明论证典范——玄奘“真唯识量”的注释（存三种），还有一种《门论》注释（不存）。正如乾隆年间杭州佛教居士吴树虚在其《因明入正理论后记》序中述言，“此论（指《入论》）旧疏不传，学者甚少，明季至今，诸师始讲，自素庵、幻斋、幻居、蕴璞诸师，念西居士以及蕅益、内衡、人能诸师，能谈者多人，刻本讲解者多种”，其规模已不容小觑。

　　不过，我们仍不能忽略明清因明与唐代因明之间传承中断的窘境。当晚明的佛教学者重新开始关注因明时，无法系统性地继承唐代的知识，仅能依靠《宗镜录》等弱相关撰述所保存的只言片语。不难想象，在传承中断的情况下，该阶段的因明学者缺少权威知识来源的指引，不得不在自己时代的语境中尝试重构因明理论的诠释。与玄奘传授脉络下形成的唐代因明相比，明清因明属于一种更加“本土化”的诠释状态。因而，明清因明诠释与原典和唐疏产生诸多乖离，也就不足为奇了。在此，我们可以先将复杂的因明理论放在一边，暂举历史认知方面的一则对比：足目（pāda）是婆罗门教正理派创始者乔达摩（Gautama）的另一名号，是印度逻辑学的奠基人。窥基在其《因明大疏》开端略述因明源流，虽出于佛教的立场而说“因明论者，源唯佛说”，但亦言“劫初足目，创标真似”，其功绩早于佛教的世亲，明确肯定足目的重要地位。但明末大会永海《因明入正理论会义》在解释转引自《宗镜录》的上述文字时，因缺少足够的历史了解而表现出极大的困惑，无法理解为何要在佛陀与世亲之间插入一位足目。在他看来，即使“梵志足目论师是承事梵天，名劫初人之种族”，“才智宏远”的世亲大师也该直接承袭佛说，为何反而要承接这位属于外道的足目呢？进而，他对大藏经的版本刊刻提出质疑，认为《宗镜录》转引的所谓“劫初足目”乃属错字，原本应作“始初题目”。若依据史实来衡量永海的判断，自然非常荒谬，然而比起批评与轻视，更重要的是在哲学史、思想史的层面去理解明清因明诸多新奇见解所展现出的知识重构，以及这种重构的由来与影响。

　　明清因明研习再次沉寂之后，清末民国时期，由于《因明大疏》等唐疏资料自日本取回，加之西方逻辑学学科知识的刺激，因明再次得到关注。如太虚在1936年为虞愚《因明学》所作的序中总结说：“近缘日本因明学之反哺，与西洋逻辑及应用逻辑之西洋哲学科学盛传入中国，而隐埋在中国故书堆中之因明学，其研究遂亦极一时之盛，而与中国名辩及西洋逻辑作比较之研究，尤足引起学者之兴味。”然而，此种视角的因明研究已经不再是宗教语境下的理解诠释，而是将因明作为分析对象的现代学术工作，其模式发生了本质上的改变，脱离了传统佛教注疏的范畴。

　　简述至此，我们可回顾总结整个汉传因明史。玄奘之前的《方便心论》《如实论》等汉译并未形成实质影响，亦未使用“因明”的称呼，只能在宽泛的叙述中算作因明在汉地流传的前史。自玄奘以后，以其译介的陈那新因明论典为基础，形成了唐代及明清两个主要阶段，共同组成了汉传因明的诠释传统。这两个阶段因不同的历史境遇而形成了各自的特点：唐代因明以玄奘所传授的印度因明知识作为支撑，呈现出共同导源于玄奘的传承脉络；明清因明由于传承中断、文献散佚而缺少这样的支撑，只能在当时的汉传佛教语境中重新尝试理解，其“本土化”特质更为明显，并无同一师承源头的传承线索。至于晚清民国开始的因明研究，则已不再属于佛教传统意义上的汉传因明。

　　因而，当今汉传因明研究的主要对象亦可按时段划分为唐代与明清两个部分，依据各自的阶段特征，选取不同的研究重点与路径。例如，于前一阶段，可针对唐代注疏的详尽诠释，比对Muni Jambūvijaya近年刊布的《入论》梵本及叶少勇等学者目前正在整理的《门论》梵本等文献成果，在跨文化的视角下，侧重考察唐疏与原典之间的具体关联与演变；于后一阶段，可利用近年新发现的多种明清因明文献，着重探究明清因明在中国哲学史、思想史中所扮演的角色。当然，不同阶段的研究路径并不互斥。除上述以外，我们亦可延续晚清民国以来的研究思路，以形式逻辑、比较逻辑学等方法考察不同时期的理论诠释，补充中国逻辑史的相关叙述；或者在佛教中国化的视野下，从具体的因明诠释或应用案例切入，考察佛教哲学的本土化发展。